Un año atrás el Mustang había recibido un rediseño en aras de ofrecer una apariencia más agresiva y deportiva, los cambios principales se notaban en los arcos de rueda ensanchados, nuevo cofre y parrilla, así como fascias y faros. Para el año 2000 llega el tercer SVT Cobra R, equipaba un V8 DOHC de 5.4 litros y 385 hp, asimismo se ofrecía por primera vez en un Mustang una caja manual de seis cambios.